Linuxの場合は-dですがMac OS Xだと-Dを使うようです。
エンコードはできるがデコードでエラー発生
$ echo "a" | base64 | base64 -d
Dec 4 15:36:21 mac.local base64[39990] <Info>: Read 5 bytes.
Dec 4 15:36:21 mac.local base64[39990] <Info>: Wrote 8 bytes.
WVFvPQo=
正常にデコードできる
$ echo "a" | base64 | base64 -D
a